土壤、岩石和各种物体上的微生物常常因受风雨的袭击而沦落水中．无论在淡水、咸水、海水、河水、湖水, 或者在雨水、雪水、自來水中都有微生物存在．

　　有的微生物因不适应水环境的生活会慢慢死去, 有的能暂时生活在水中, 一些致病菌可以利用水中的营养物质生活很长时间．含有病菌的水就成了疾病的祸根．１９８２ 年, 由於德国的易北河水含有霍乱弧菌, 使饮用這条河水的八千多人上吐下泻、严重失水而死亡．对饮用水进行微生物数量和种类的检查, 判断水污染程度和饮用是否安全是十分必要的．

　　夏秋两季水温比较适宜微生物生长繁殖, 数量高於冬季．水面由於受太阳光的杀菌作用使含菌数降低, 一般在５～２０ 米深的水中含菌数最多, 生长有藻类和原生动物的水域因它們能吞噬微生物而使数量减小．靠近城市的废水中有机物丰富, 可使微生物大量繁殖, 并会造成水中溶解氧缺乏, 致使鱼类得不到氧气而死亡．井水和泉水经过了地层的过滤作用, 很少含有机物, 含菌数比较少．

　　在一潭死水中, 好氧微生物的生长繁殖使水中缺氧而形成厌氧环境, 這厌氧的微生物就大量增殖, 它們在生活中会放出有恶臭的硫化氢、难闻的氨气和甲烷等各种气体, 所以使水质又脏又臭．而经常流动的江、河、湖水里有足够的溶解氧, 使好氧微生物能很好生长, 這些微生物可將水中的有机物一部分转变成菌体, 一部分转变成水和二氧化碳, 而微生物菌体又能被一些低等动物吃掉, 从而起到了清除水中杂质的作用, 使水得到净化, 人們常說 ＂流水不腐＂, 实际上是這些微生物的功劳．