需要指出的是，在这个时期苏联的化学虽然取得了巨大的成绩，但同时也与它的国家一样经历了曲折的道路。从 30年代初开始，苏联国内运动一场接一场，从批判德波林“孟什维克化的唯心主义”到反托洛茨基斗争，以致后来的肃反扩大化和40年代末期的反对世界主义等等方面都存在着极“左”的倾向。主要表现为，一是把哲学的党性原则强加于自然科学，二是把学术争论与政治斗争混为一谈。这几次极“左”错误都给苏联的科学事业和发展带来了深重的灾难。对化学领域影响较大的是1947年苏共中央作出关于意识形态问题的一系列决议之后，以李森科等人讨伐生物学的摩尔根学派为开端，批判的火焰迅速燃及生物学、物理学等领域。生理学的魏尔肖细胞病理学、物理学的爱因斯坦相对论和哥本哈根学派以及维纳的控制论等都接连受到了批判。在化学领域则开始了对鲍林共振论的批判。对鲍林的共振论，苏联化学界在第二次世界大战前就进行了详尽的介绍和论述，当时许多化学家在自己的著作和研究中使用共振论。苏尔金与杰亚特金娜在《分子的化学键和结构》一书中详细论述了共振现象。鲍林曾经称赞该书是一部“优秀的著作”。这两位化学家是“今日苏联最有才干的化学家。”①当时，苏联高教部把这部著作定为大学化学系学生辅助教材，后被美国译为英文，在国内大学中使用。1947年苏尔金和杰亚特金娜又把鲍林的《化学键的本质》译成俄文，接着他们又合译了威兰德的《共振论及其在有机化学中的应用》一书。在化学领域批判共振论是从1949年切林采夫出版的一本小册子《有机化学理论纲要》开始的。他在这部著作中指出，共振论在方法上是机械论的，缺乏独创性，并认为鲍林提出的“共振”概念是“用一种与事实不符”的机械论的描述在“充塞人类知识的空白”。他同时提出“新结构理论”，建议用一种方法来解释分子结构。这种方法既不包括量子力学的近似方法，也不需要对一种化合物使用一个以上的结构式。
     根据他的理论，苯的结构可以不按共价键而按电价键或离子键画出。切林采夫的小册子在苏联虽然引起了对共振论的讨论批判，但他的“新结构理论”也遭到了反对，被认为是无科学价值的，并且他本人也被认为是“无论在化学，还是在辩证法方面。都缺乏充分的训练”②。美国学者格雷厄姆称他是一个“积极的、野心勃勃，但并不出名的化学家”③，企图成为化学中的李森科，却没有得到官方的宠信，结局完全与他个人的愿望相反。可是尽管如此，在苏联意识形态进行交战的时刻，切林采夫一书的出现无疑地把共振论推到了哲学讨论的前沿。同年《哲学问题》发表了B.M.塔捷夫斯基和M.И.沙赫巴洛诺夫合写的文章《论化学中的马赫主义理论及其宣传者》。这是从哲学上批判共振论的开端。而后，批判共振论的浪潮席卷苏联。批判初期，许多化学家公开做了抵制，从科学上捍卫共振论。如涅斯米扬诺夫、库尔沙诺夫、萨加洛夫、苏尔金和杰亚特金娜等。1950年M.卡马里和 B.И.库兹涅佐夫发表《为马克思主义哲学的创造性研究而斗争》一文，批评塔捷夫斯基和沙赫巴洛诺夫，认为他们的文章“没有深入和严肃地分析所提出来的问题”，“将会引起缺乏经验的读者在思想上的很大混乱”。这实际上是对这场批判的一种抵制。1951年6月苏联科学院化学部举办了有机化学中化学结构理论问题的全苏会议。会上通过的《有机化学中化学结构理论的状况》的报告对共振论和中介论以及切林采夫的“新结构理论”都作了批判。
     主要观点是：布特列洛夫是化学结构理论的奠基人，而共振论在哲学上是唯心主义的，在科学上是站不住脚的，在方法上是机械论的。其它学科领域的人也参加了会议。会议建议在整个科学的范围讨论批判共振论。从这次会议后，不同的意见被压制了。苏尔金、杰亚特金娜、库尔沙诺夫等化学家迫于形势，不得不放弃了他们早期对共振论的捍卫，而且在不同程度上公开承认自己错了。一时间，关于共振论的论战沉寂下来。总之，这一时期苏联化学又处于激烈的动荡时期。对共振论的批判使苏联在量子化学方面的研究停滞不前，正如苏联科学院院长涅斯梅亚诺夫1956年12月在科学院大会报告中所指出的那样，苏联在现代结构理论和量子化学方面的情况比较差，近几年来没有尽必要的努力来发展这些最重要的化学研究工作。结果科学家的数目减少了，落后的情况加深了。他还指出，1951年举行的结构理论讨论会，并没有促进工作的进展，而是使科学家更快地离开了这个科学领域。综上所述，我们看到，这个时期是苏联工业化时期，苏联化学家在苏联头几个五年计划中的主要工作是集中力量直接帮助和参加社会主义建设，因而与工业生产密切相关的石油化学、合成化学、表面化学都取得了一些突破性的进展，化学基础理论研究相对薄弱一些，特别是理论化学的前沿领域——量子化学方面的研究却处于落后状态。由此也使我们更加清楚地看到了社会生产和社会政治对自然科学的作用和影响。