道光十八年，49岁的龚自珍乞休回家。两年后殁于丹阳，享年51 岁。龚自珍死于暴疾，世间颇有微辞。自珍在京做官时，是明善堂主人的上客。主人的侧福晋西林太清春慕其才，二人有暖昧事。有人说，自珍诗集中游仙诗及词中《桂殿秋》、《忆瑶姬》、《梦玉人引》诸阙，倘恍迷离，都是为这件事而引发的。后来被明善堂主人察觉，只好引疾归乡。结果还是被明善堂主人鸩杀了。还有一说。自珍晚年眷恋一个私娼，叫灵萧，而灵萧却另有所爱。有一天，他去灵萧家，遇见了那个人，自珍让灵萧与他断绝往来。灵萧明应，而暗中往来愈密切。半年之后，自珍在灵萧家又遇到那人。
     自珍回家拿了鸩毒交给灵萧，命她毒死那人。这种毒药本出自宫内，服下后并非立即死，死后也没有伤痕可验。那灵萧收下药，随即放入酒中，端给自珍。龚自珍饮下，回到家就感不适，数日后死了。自珍子名龚孝珙。孝珙治学于公羊最深，著述甚富。他不自收拾，为人豪放，不修边幅，恃才傲物，世人因此多忌恨他。晚年家道益落，变卖先人金石书画殆尽。李鸿章爱其才，月资二百金以备无米之炊。孝珙客居海上时，曾做英国人威妥玛的幕府，月资数百金。后来资金日减，生活益窘，宠爱的两个姬妾都下堂入厨。
     有人甚至攻击他曾把女儿送给威妥玛做妾。龚孝哄给英国人巴夏礼做幕僚时，曾引导英法联军火烧圆明园。据说当时英人欲直攻故宫，龚孝珙力阻之，说圆明园珍宝如山，是中国菁华之所在，毁此亦足以泄愤。英人听从他的话，京城遂得保存。孝珙除精于公羊学外，还精于史学、小学。著有《元志五十卷》、《雁足镫考三卷》、《清邋遢史三卷》。