与进化论和神创论之争的性质完全不同，进化论者阵营中也存在着经常而又激烈的基于科学事实的理性争论。这是因为达尔文、拉马克等先驱只是把生物进化作为一个科学问题正式提出来，同时开创了研究生物进化的方向，但决不是解决了生物进化的所有问题。实际上，达尔文提出的新的重大科学问题比他所解决的重大问题还要多。因此，进化论在达尔文之后是不断发展的，并且产生了很多不同的学派以及形形色色的进化学说。不同的学派从不同的角度、不同的层次去探讨生物进化的问题，往往会得出一些不同的观点与结论，从而产生了学派之争。这种学术争论一般都是有助于科学发展的，因此各个学派对生物进化的研究都是有贡献的。在这些学派中，最有代表性的就是达尔文学派，又称达尔文主义。