现代发酵工程可以说是从传统的酿造业脱胎而来，然而，现代发酵工程与传统的酿造业已经是不可同日而语的两回事了。可以举一个简单的例子来说明两者之间的天壤之别。人类在几千年前就掌握了制酱技术。作为人们餐桌上重要调味品之一的酱油，世界上不少地方至今仍用传统的酿造工艺进行生产。那可是一个很繁琐、很费时的过程，从发酵、晒酱，直到取得成品酱油，需要半年到一年的时间。在80年代，日本的一家公司用现代的发酵工程取而代之。他们的做法是将一种耐乳酸细菌和一种酵母菌一起固定在海藻酸钙凝胶上，再装入制造酱油的发酵罐。各种营养物和水慢慢地从罐顶注入，产品酱油则不停地从罐底流出来，形成了一个连续生产的过程，从原料到成品的周期还不满3天！另一个例子也许更能说明现代发酵工程的巨大优越性。青霉素是大家所熟知的药品。它是最早问世的抗生素，至今仍是对付许多感染症的首选药物，仍在造福人类。青霉毒是一种叫产黄青霉的真菌的发酵产物。
     40年代，美国一家生产青霉素的工厂，由于生产手段落后，使用的发酵容器——培养瓶多达75万只。这在今天看来有点可笑，因为现在生产青霉素都是在大型发酵罐里进行的。荷兰有一家制药厂，用 14个发酵罐生产青霉素，每个发酵罐的容积都达到10万升，产品和效率当然是那些培养瓶无法相比的。从事发酵工程的科学工作者还对产黄青霉菌株进行反复的选育和改良，使得用于生产的菌株性能一代更比一代强。最初，一升发酵液只能取得60毫克青霉素，而现在已经超过了20克。