结构观念是人类不断深入认识物质世界本质所得到的认识成果，从而又可以成为指导人们进一步认识世界的方法或手段。作为科学方法论的结构方法，是从结构观点出发探索事物规律的方法，既不同于追寻“终极点”的原子论方法，也不同于唯象的整体论方法。原子论方法侧重于找出对象的构造之石，把整体现象归结为各组分的加和，把高层次现象还原到低层次进行解释；而唯象的整体论则偏重于了解对象的宏观的、平均的指标，只从始态和终态去把握事物转化的可能性，而不过问具体过程和结构变化及运动途径的现实关系。而结构方法则既要分析对象内部的组成，也要综合对象内部的组成之间的关系和对象的整体效应，要联系具体的过程来把握事物的转化。如果说原子论方法是分析方法的极端表现，整体论方法是综合方法的极端表现，那么，结构方法则不允许片面地走向极端而要综合地系统地考察对象。人们对化学结构的认识已经表明，考察分子化合物的组成是对化合物整体进行分解，在方法论上是以分析为主；而考察化学组成之间的关系以及这种相互作用所带来的整体效应，在方法论上是以综合为主。而且只有既认识到研究对象的内部组成，又认识到组成物之间的关系及其导致的整体效应，才可能获得比较完整的认识。人们对化学结构认识的发展是这样，人们对化学结构认识方法的运用也是这样。结构方法从一个侧面体现了分析和综合的辩证法。结构概念作为一种方法论原则，要求我们从内容和形式的统一性上去把握和认识事物。