微生物与动物以及微生物与植物之间的互惠互利现象在自然界中广泛存在。例如在白蚁、蟑螂的肠道里生活着微生物，它们能分解昆虫吃进肚子里的木材，把木材变成糖类供给昆虫利用。昆虫不仅为肠道微生物提供了生活的场所，而且在昆虫脱皮时能产生一种脱皮激素，这种激素可以促使微生物产生配子，进行有性繁殖。微生物与植物的互惠互利也很多，例如豆类和根瘤菌的共生，可以提高土壤肥力。发酵工业的核心就是培养微生物，使之产生人们所需要的产物，并且要高产、优质。为此，了解微生物之间的相互关系就显得十分必要。在微生物这个大家族的成员中，它们之间不仅有颉顽、竞争，同时还存在着互惠互利，相依为命的关系。
     例如，阿拉伯糖乳杆菌不能自身合成苯丙氨酸，因此，不能在缺少这种氨基酸的培养基中生产；粪链球菌自身不能合成叶酸，因而不能在缺少这种维生素的培养基中生长。但把这两种菌混合培养在既无苯丙氨酸又无叶酸的培养液中，它们都能生长，因为它们能相互提供各自生长所必需的营养物质，一种菌将产生的物质扩散到培养液中，供另一种菌利用。在土壤中，单一的纤维素分解细菌的分解能力不及混合多种菌有效。这些不同种之间的相互关系还不仅是营养上的互惠关系，还是由于混合菌的共同生活创造了一个有利于纤维素分解的物理或化学条件。例如，用三种分解纤维素的高湿厌氧菌，其中仅有一种可以单独分解纤维素，而另两种只能明显地改变纤维素的分解速度。由于这三种菌都是厌氧菌，其中两种不分解纤维素的菌种，可以利用分解纤维素的过程中所产生的毒素物质，如乙醇或乳酸等，这样就有利于纤维素分解细菌的继续生长和对纤维素的分解。从以上可以看出，这些微生物之间之所以谁也离不开谁，是因为它们能够互惠互利，谁都“不忘恩负义”。了解它们的相互关系，使我们知道，在发酵工业中不仅可以采用单一菌种的纯培养，而且还能利用两种或更多菌种的混合培养来创高产、优质的代谢产物。