恩培多克勒虽有四根由微粒构成的思想，但未将宇宙本原归结为微粒，而且否认虚空存在。原子论创始人留基伯和德谟克利特吸取了恩培多克勒关于四根由微粒（原子）构成的思想，而且认为原子和虚空同为宇宙的本原。他俩分别把微小性和坚固性看作原子本性——不可分割——的根据。现在，生灭不已的原子构成物（包括火、气、水、土）被归结为在虚空中运动着的不生不灭、不可分割的原子。这既否定了恩培多克勒四根不生不灭的思想，又继承了他的本体不变和物质不灭的思想。原子有大小、形状、重量等特征（其中重量特征的发现归功于伊璧鸠鲁）。德谟克利特常用原子的形状来说明事物的性质及原子间的结合和分离，并用钩、环、尖等表示原子形状的多样性。留基伯和德谟克利特将自然界的千变万化归因于原子在虚空中的排列组合、机械位移等。②因此，正如罗素所说，在原子论创始人看来，“宇宙之中并没有目的；只有被机械的法则所统驭着的原子。”③在下文的分析中我们将看到，原子论框架赋予近代化学亲合观以明显的机械论特征。